Jesienią 1939 roku do niewoli dostało się ok. 240-250 tys. żołnierzy, funkcjonariuszy Policji Państwowej, Korpusu Ochrony Pogranicza i Straży Granicznej, w tym ok. 10 tys. oficerów. Ok. 125 tys. zatrzymanych, głównie szeregowych, zostało zwolnionych. Reszta, co stanowiło rażące naruszenie prawa międzynarodowego, przeszła spod nadzoru Armii Czerwonej w ręce sowieckiej policji politycznej – NKWD. Tysiące żołnierzy zostało skierowanych do obozów pracy. Pozostali mieli zasilić 10 nowo utworzonych obozów jenieckich.

Oficerowie – a także policjanci, właściciele ziemscy, urzędnicy, członkowie konspiracyjnych organizacji antysowieckich – byli również przetrzymywani w więzieniach na terenie zajętych przez Armię Czerwoną Kresów Wschodnich. 18 632 aresztowanych (w tym 10 685 Polaków) przebywało m.in. w więzieniach Łucka, Brześcia, Lwowa oraz Drohobycza.

Oprawcy nie traktowali jeńców w taki sam sposób. Celem Stalina było zatarcie śladów polskiej państwowości. Dlatego ostrze represji skierowano przede wszystkim przeciwko tym, którzy w oczach Sowietów stanowili największe zagrożenie dla komunistycznej władzy. Chodziło o oficerów, ludzi wykształconych, zaangażowanych w służbę ojczyźnie, stanowiących elitę intelektualną i przywódczą przedwojennej Polski.

Dla tej grupy jeńców NKWD utworzyło trzy obozy specjalne. Kozielsk i Starobielsk – dla oficerów oraz wyższych urzędników państwowych i wojskowych – oraz Ostaszków, głównie dla policjantów, żandarmów, strażników więziennych. 29 grudnia 1939 roku w miejscach tych przebywało 15 105 jeńców.

W obozach planowano łamać morale jeńców, poddawać inwigilacji (by wyłowić „kontrrewolucjonistów”) i indoktrynacji (by wykorzenić przywiązanie do Polski i, być może, przeciągnąć na swoją stronę). Jeńców z Ostaszkowa zamierzano wysyłać do obozów pracy przymusowej na Kamczatkę.

Na dokumenty w tej sprawie, datowane 5 marca 1940 roku, składają się: tajny wniosek szefa NKWD Ławrientija Berii do przywódcy Związku Radzieckiego Józefa Stalina oraz uchwała Biura Politycznego Komitetu Centralnego Wszechzwiązkowej Komunistycznej Partii (bolszewików) zatwierdzająca ten wniosek.

Od kwietnia do czerwca 1943 roku trwały ekshumacje katyńskich grobów w obecności polskich i zagranicznych ekspertów, obserwatorów i dziennikarzy, a także amerykańskich i brytyjskich jeńców wojennych. Niemcy dla uwiarygodnienia swoich działań zaprosili do Katynia Komisję Techniczną Polskiego Czerwonego Krzyża oraz Międzynarodową Komisję Lekarską, złożoną w większości z profesorów medycyny z państw sojuszniczych lub okupowanych przez nazistów.

Wiele osób – nie tylko Polaków – miało wątpliwości i moralne opory wobec uczestnictwa w kontrolowanym przez Niemców i zorganizowanym na pokaz dochodzeniu. Obawiano się też napiętnowania za współpracę z nazistami. Uznano jednak, że najważniejsze jest poznanie prawdy.

Badania zwłok oraz znalezionych przy nich dokumentów wykazały, że ofiary zostały zamordowane wiosną 1940 roku, a przyczyną zgonu był strzał w tył głowy z broni krótkiej kalibru 7,65 mm. Te okoliczności dowodziły, że sprawcami mordu są Sowieci.

Kilka dni po ogłoszeniu odkrycia masowych grobów w Katyniu emigracyjny rząd Polski zwrócił się do Międzynarodowego Komitetu Czerwonego Krzyża z prośbą o wyjaśnienie sprawy. ZSRR, jako strona zainteresowana, sprzeciwił się przyjazdowi zagranicznej delegacji pod Smoleńsk, następnie zaś zerwał stosunki dyplomatyczne z rządem RP na uchodźstwie. Jednocześnie Sowieci wzmocnili poparcie dla utworzonego przez siebie Związku Patriotów Polskich, przygotowując grunt pod przejęcie władzy w powojennej Polsce.

Gabinet premiera Władysława Sikorskiego oskarżany był przez Rosjan o kolaborację z nazistami, o to, że Polacy i Niemcy ramię w ramię wszczęli kampanię oczerniania ZSRR. Tymczasem emigracyjny rząd już 17 kwietnia 1943 roku, domagając się zbadania sprawy katyńskiej, zaznaczał, że „zaprzecza Niemcom prawa do czerpania ze zbrodni, które zarzuca innym – argumentów w obronie własnej”.

Polska dyplomacja została postawiona w trudnej sytuacji, bo sojuszniczym władzom Wielkiej Brytanii i USA zależało na jak najlepszych stosunkach z ZSRR. O zbrodni nie chciano mówić głośno w obozie koalicji antyhitlerowskiej i to milczenie starano się narzucić także Polakom.

Polacy od początku mieli udział w odkryciu i badaniu zbrodni katyńskiej. Od przymusowych robotników, którzy pierwsi dowiedzieli się o zbiorowych mogiłach, po pisarzy i publicystów, którzy wykorzystali swój talent do opowiadania światu o tym mordzie – polscy świadkowie robili wszystko, by sprawa tragedii ich rodaków nie została przemilczana.

Literaci, którzy przybyli do Katynia – m.in. Ferdynand Goetel i Józef Mackiewicz – zostali przez Niemców włączeni w akcję propagandową i udzielili wywiadów w nazistowskich gadzinówkach, co ściągnęło na nich oskarżenia o kolaborację. Oczyszczeni z zarzutów, kontynuowali walkę o prawdę.

Józef Mackiewicz zebrał materiały dotyczące sowieckiego ludobójstwa i zredagował pierwszą polską książkę na ten temat „Zbrodnia katyńska w świetle dokumentów”. Znalazło się tam m.in. świadectwo Stanisława Swianiewicza, oficera w ostatniej chwili cofniętego z transportu na miejsce egzekucji w Katyniu, który po latach opublikował własną książkę wspomnieniową „W cieniu Katynia”.

Sowieci od 15 kwietnia 1943 roku forsowali tezę o niemieckim sprawstwie mordu w Katyniu. Gdy Rosjanie odzyskali kontrolę nad ziemią smoleńską, powołali oficjalną komisję, która miała udowodnić, że ich zbrodnia została dokonana przez Niemców. Grupa radzieckich naukowców pod przewodnictwem Nikołaja Burdenki nie prowadziła jednak rzetelnego dochodzenia. Miała jedynie uwiarygodnić wersję zdarzeń spreparowaną wcześniej przez NKWD.

Raport komisji Burdenki był pełen sprzeczności i przemilczeń, ale teza o niemieckiej odpowiedzialności za zbrodnię była na rękę zachodnim aliantom, którzy jawnie wspierali sowiecką narrację w sprawie ludobójstwa. Dokument stał się podstawą tzw. kłamstwa katyńskiego. Na Zachodzie zdemaskowano je na początku lat 50. W krajach bloku wschodniego przez niemal pół wieku było jedynym uznawanym przekazem, a próby zaprzeczania mu były surowo karane.

Przełom lat 40. i 50. to początek zimnej wojny, a zarazem koniec przyjaźni Zachodu i ZSRR. Mówienie prawdy o Katyniu było teraz w interesie Stanów Zjednoczonych i Wielkiej Brytanii. W październiku 1951 roku Amerykanie stworzyli komisję śledczą pod przewodnictwem kongresmena Raya Johna Maddena, która przesłuchała kilkuset świadków i zebrała ponad 100 relacji pisemnych. W raporcie końcowym stwierdzono:

„Komisja jednomyślnie stwierdza, że dowody (…) ponad wszelką wątpliwość wskazują na to, że sowieckie NKWD dokonało masowego mordu oficerów armii polskiej w Lesie Katyńskim koło Smoleńska w Rosji nie później niż wiosną 1940 roku”.

Komisja Maddena rekomendowała przedstawienie zebranych dowodów na forum ONZ i wszczęcie procesu w Międzynarodowym Trybunale Sprawiedliwości, lecz świat Zachodu nie uznał tego za konieczne, tym bardziej, że zaczęto wracać do polityki łagodzenia napiętych relacji z ZSRR.

Kłamstwo katyńskie legło u podstaw stosunków Polski z ZSRR. Z początku wolno było powtarzać wersję o niemieckiej odpowiedzialności za mord w Katyniu, lecz po 1956 roku temat poddawano ścisłej cenzurze. Polacy kultywowali jednak pamięć o tragedii, choć byli zastraszani i nękani przez Służbę Bezpieczeństwa. Symboliczny stał się los tzw. Dolinki Katyńskiej na Cmentarzu Wojskowym w Warszawie, tworzonego społecznie miejsca pamięci, które regularnie dewastowali esbecy.

Wiedzę o katyńskim ludobójstwie obywatele PRL czerpali z audycji Radia Wolna Europa oraz publikacji drugiego obiegu wydawniczego. Dzielono się informacjami z bliskimi, przyjaciółmi i znajomymi. W 1974 roku powstała amatorska audycja „Kłamstwu na przekór”, nagrana przez Jerzego Cywińskiego wspólnie z całą rodziną. Choć taśma zaginęła podczas stanu wojennego, nieoczekiwanie w 2012 odnalezioną kopię nagrania ktoś przyniósł do Polskiego Radia…